小脑脓肿的诊断比较复杂，小脑脓肿的病人发病前应有急性化脓性中耳炎或慢性化脓性中耳炎急性发作史。

检查时患耳可有脓性分泌物，鼓膜松弛部或紧张部边缘性穿孔。乳突线拍片显示乳突气房模糊或骨质破坏，CT扫描是小脑脓肿定位诊断的首选方法，可以清楚地显示脓肿的大小和部位，准确率达95％一100％。

腰穿仅对鉴别脑膜炎有一定帮助，但应谨慎，以免诱发脑疵。颅骨X线平片、放射性同位素脑扫描、动脉造影、脑电图、超声和气脑造影对诊断小脑脓肿亦有一定帮助。MRI虽然是诊断小脑脓肿的可靠方法，但价钱昂贵。